1963年11月，当肯尼迪遇刺身亡后，约翰逊成为了总统，他也是历任美国总统中最喜欢胡佛，以及他那些情报的一个。

  1964年大选，当肯尼迪的弟弟罗伯特·肯尼迪成为约翰逊的竞选对手时，胡佛和约翰逊十分紧张。胡佛拒绝为自己名义上司，总检察长（司法部部长）罗伯特·肯尼迪提供任何情报，令罗伯特·肯尼迪没办法掌控而竞选失利。

  胡佛到底为约翰逊上台提供多少助力这个不得而知，但是约翰逊在离开白宫前，向与自己交接的继任者尼克松透了一个底。

  “如果没有胡佛，我根本没办法行使总司令的职责。你也得依靠埃德加，他是力量的柱石。”

  但是约翰逊对尼克松说这话很可能并非出自真心，他在任总统时也和死得不明不白的前任肯尼迪一样，认真考虑过要让胡佛滚蛋！而主张与中国交好，在全球实行收缩战略的尼克松，注定是不会被胡佛喜欢的。

  所以当1972年5月2日胡佛死在地下室里后，尼克松在自己的日记里不无揶揄地写道：他在一个合适的时候死了。幸运的是，他是在位的时候死的。如果他在之前被迫下台抑或主动辞职，他都很可能被人杀死。

  尽管胡佛死了，但是他的影响力依旧在。位于华盛顿特区的联邦调查局总部，以他的名字命名为J. 埃德加·胡佛大楼。由于胡佛在任48年之久，所以他死后，美国政府规定FBI局长仅能担任十年。

  胡佛死后六周，便爆出了‘水门事件’。尼克松的亲信，他的竞选班子的首席安全问题顾问詹姆斯·麦科德等，潜入位于华盛顿的竞选总部水门大厦，安装当场被捕。

  最擅于安的FBI，为此案专门组成了以丹尼尔·布莱索为首的调查组做出详细的调查。白宫办公室主任厄里希曼给布莱索打电话，要求布莱索停止对水门事件的调查，然而布莱索却直接给予了回绝。

  水门事件的结果说明，FBI在胡佛四十八年的苦心经营下，慢慢的变成了了美国国内的一个独立王国，美国总统已经非常困难掌控这一组织。木秀于林风必摧之，尼克松之后的历任美国总统都致力于限制FBI的权力。

  如今的FBI，已经没有尼克松时的那种独立性和独立的底气，美国总统在与FBI的斗法中逐渐地占据了上风。然而水门事件只是FBI与美国总统斗法的最高潮，它并不是FBI与美国总统间斗法的结束，其后两者间依旧斗法不断。

  1986年美国总统里根的国家安全事务团队被FBI启动调查程序，调查该团队在‘伊朗门’事件中有否出卖美国国家利益。在里根卸任总统还不到三月的1990年4月7日，他的原国家安全事务顾问波因德克斯特便被定了重罪；

  1998年，时任美国总统克林顿，因为‘拉链门’事件（莱温斯基案）被FBI调查，最后遭遇到了弹劾，不过幸好他人缘好躲过了弹劾；

  2004年3月12日，时任FBI局长穆勒前往白宫拜会小布什，他因为小布什有意发布法令，扩大特工对美国国内任何网站、图书馆、教堂、公共集会、政治组织的监视权力不满，所以要当小布什的面‘辞职’。

  然而当穆勒从白宫出来时，他依旧还是FNI的掌门人。而小布什为了让穆勒留任，‘自愿’放弃了扩大特工权力的计划。

  因为911事件后，美国政府设立了新的情报机构——国土安全部（DHS），这一机构享有监控美国国内的权力，而这原本是FBI独享的权力。小布什扩大特工监视权力，主要是扩大DHS的权力。小布什的这一做法，无疑动了老牌窃听组织FBI的蛋糕。

  监视、跟拍、窃听美国国内的个人和组织，这是当年罗斯福给胡佛的权力，是FBI在美国国内凌驾于其它机构之上的看家本钱。作为FBI掌门人的穆勒，当然不允许任何人动这块蛋糕！

  从这件事情上也能够准确的看出，虽然胡佛已经作古多年了，但是FBI在搜集总统黑料上依旧老辣，穆勒一出手小布什只能乖乖就范。

  美国总统与FBI局长常常不对付，也跟FBI局长的任期有很大的关系。FBI局长历来都是总统任命的亲信担任，但是FBI局长的任期自胡佛以后被改为了最多10年。

  然而美国总统任期只有八年，这就使得新任美国总统长时间都得面对，不是自己任命的FBI局长，甚至有可能是自己竞选击败的前任总统任命的FBI局长的局面。FBI局长与美国总统这种任职时间差，某些特定的程度也加剧了FBI局长与总统间的不对付。

  除了罗斯福，他之后的历任美国总统，似乎只有奥巴马跟FBI间关系最为融洽，双方没有爆发任何冲突，FBI一直尽心尽力地在为奥巴马保驾护航。

  而2017年5月9日，FBI的第七任掌门人詹姆斯·科米被特没谱就地免职，可以视作美国总统自胡佛死后与FBI经过几十年斗法，现在已经占据了上风。DHS的建立，让FBI的基础还是受到了严重冲击，FBI已经没法像当年一样，在美国国内只手遮天了。

  近百年来，FBI与美国总统之间既相互扶持又相互使绊子，成了美国政坛的一大特色。相信随时间流逝，我们这些吃瓜群众还将继续看到两者间精彩的斗法，就让我们拭目以待吧。